本发明公开了一种双动力船的动力系统，包括传动系统、电力驱动系统、燃油驱动系统、充电器保护系统、互锁系统以及防止暴冲系统。电力驱动系统将电力转换为动力，燃油驱动系统将燃油转换为动力。传动系统与电力驱动系统以及燃油驱动系统连接，透过传动系统将动力传送出去，驱动船舶前进。充电器保护系统与电力驱动系统连接，调配电力驱动系统的电力负载，保护充电器不会因负载过大而损坏。互锁系统与电力驱动系统以及燃油驱动系统连接，用以选择二驱动系统之一输出动力。防止暴冲系统与电力驱动系统、燃油驱动系统以及传动系统连接，可侦测传动系统的状态，禁止电力驱动系统、燃油驱动系统被发动。本发明还提供一种双动力船的动力系统运作方法。