本发明公开了一种高效获得黄精灵百合纯合二倍体幼苗的方法，包括百合花苞的选择与剪取、花苞低温处理、花苞消毒处理、花药摘取与低温处理、花药接种、花药诱导萌发、胚状体芽根诱导培养、幼苗秋水仙素加倍处理以及幼苗驯化培养。其特征在于：选择生长状态较好且处于花粉发育单核期的黄精灵百合的花苞，将花苞剪下后放置在3-5℃冰箱中进行低温处理，然后对花苞进行消毒与低温处理，接着将消毒处理后的花药接种到改良MS培养基中诱导形成胚状体，待胚状体形成后将其转入到MZ培养基中进一步诱导分化形成芽、根，然后利用300mg/L-500mg/L秋水仙素对黄精灵幼苗进行加倍处理，得到二倍体幼苗，通过幼苗驯化培养处理，得到二倍体黄精灵百合。本发明利用花药离体培养，解决了百合杂交培育过程中优良性状丢失以及周期长等不利问题。