本发明公开了一种SRAM型FPGA SEU运行中修复的方法，属于SRAM型FPGA的配置技术领域。该方法包括如下步骤：第一步、对SRAM型FPGA上电后，使用配置管理FPGA首先对SRAM型FPGA进行一次全局配置；第二步、配置管理FPGA读取配置比特流文件，检测该比特流文件并进行如下处理：当检测到比特流文件中的帧写入命令FDRI时，将FDRI中附带的帧字数替换为逻辑和互连帧字数；当检测到内容配置数据Block RAM时，则使用空操作命令替换Block RAM；当检测到寄存器复位命令GRESTORE，则使用空操作命令替换GRESTORE时；当检测到I/O启动命令STARTUP时，则使用空操作命令替换STARTUP；第三步、将经过第二步处理后的比特流文件写入SRAM型FPGA；第四步、重复第二步和第三步直至SRAM型FPGA停止工作。本方法适用于SRAM型FPGA SEU运行中修复。