一种热泵热水机在线自诊断系统及其控制方法，涉及利用热泵的流体加热器的质量检测控制装置，包括自诊断控制装置，高压侧压力检测模块，低压侧压力检测模块，供电电能检测模块，水量检测调节模块和数据库管理系统；自诊断控制装置包括数据分析单元、质检控制终端、环境温度检测模块和热泵热水机接口单元；质检控制终端和环境温度检测模块连接到数据分析单元；数据分析单元连接到数据库管理系统；数据分析单元通过热泵热水机控制器获取变工况运行实测数据，与热泵热水机变工况运行数据库中的变工况运行基础数据进行比较，自动诊断产品是否合格，代替人工判断，判断更加准确，既可以保证热泵热水机整机质量，又可以大大降低产品质检的成本。