一种MgSAPO-31分子筛的合成方法，它涉及一种分子筛的合成方法，本发明是为了解决目前采用传统的硅源和铝源只能合成具有一种酸性位的分子筛，且晶化产物中容易形成杂晶的问题。合成方法：一、NaX分子筛分散在硝酸镁溶液或醋酸镁溶液中进行离子交换，控制交换次数和交换时间，得到Mg/NaX分子筛；二、将磷酸、拟薄水铝石、Mg/NaX分子筛、二正丁胺和去离子水进行混合，搅拌后得初始凝胶；三、初始凝胶置于晶化釜中，在170～190℃下晶化，晶化产物经离心分离、洗涤和干燥，然后焙烧得到分子筛。本发明的分子筛骨架中同时含有Si和Mg两种不同强度的酸性位，制备纯度高，作为催化剂应用于石油化工等领域。