本发明涉及一种用于大便采样器帽盖组装设备的装配机构，该发明包括装配盘A、装配盘B、电动机和主轴；电动机驱动主轴旋转，旋转的主轴通过传动结构与转轴A、转轴B传动连接进而驱动两者进行方向相反的间歇转动；在装配盘A的作用下采样杆随着振动盘A做圆周运动；帽体在装配盘B的作用下随着装配盘B做圆周运动；装配盘A和装配盘B将采样杆和帽体转动到对接工位，对接工位下的顶杆驱动采样杆与帽体套接，帽盖组装完成。本发明涉解决了如何高效的装配帽体和采样杆的问题。