本发明公开了一种控制系统的性能测试方法和系统，所述方法包括：获取控制系统平稳运行时的数据段，分别判断获取的数据段中每对输入-输出数据对应的控制回路中是否存在预设的死区；若存在，从该对输入-输出数据的输出数据中查找数据误差在死区范围内的数据，并将所述数据的数据值更改为对应目标值，若不存在，则不更改该对输入-输出数据；通过分别分析每对输入-输出数据中的输出数据，获取各数据输出过程的最小方差和实际方差，并通过比较所述最小方差和所述实际方差，获取每对输入-输出数据对应的控制回路的性能指标。本发明的控制系统的性能测试方法和系统，可根据各个控制回路的性能指标，更加准确、快速地判断控制性能的好坏。