本发明涉及一种双路穿梭货架式片烟配方物流自动化系统及处理方法，系统包括：穿梭式货架，用于提供放置片烟烟包的货位；仓储管理控制系统，用于与上位系统进行通信，并对所述穿梭式货架的货位进行分区规划和分配，以及根据所述上位系统的指令创建上架单或下架单；入库系统，包括双路末端，用于根据所述仓储管理控制系统提供的上架单执行片烟烟包的入库操作；出库投料系统，包括双路前端，用于根据所述仓储管理控制系统提供的下架单执行片烟烟包的出库操作；两组堆垛机，分别与所述入库系统的双路末端对接，也分别与所述出库投料系统的双路前端对接，用于对片烟烟包进行堆垛操作。本发明能够解决出入库流量不平衡的问题，提高系统稳定性。