本发明公开了一种以固定化脂肪酶为催化剂制备碳酸二甲酯的方法，所述方法包括以下步骤：以聚乙烯醇、羟甲基纤维素钠、羟丙基甲基纤维素中的一种或两种作为负载脂肪酶的基质将脂肪酶固定化；然后在反应装置中依次加入反应物甲醇与碳酸乙烯酯或甲醇与碳酸丙烯酯；再在所述反应物中加入固定化脂肪酶；最后搅拌进行转酯反应，反应后获得产物碳酸二甲酯。本发明以固定化脂肪酶为催化剂催化甲醇与碳酸乙烯酯或甲醇与碳酸丙烯酯进行转酯反应制备碳酸二甲酯，不仅具有高转化率、高选择性、高普适性，而且工艺简单、反应条件温和、降低成本、环境友好、固定化脂肪酶可循环利用、应用前景广阔。