本发明公开了一种电站上下水库电动闸门自动锁定保护系统，其包括锁定机构、控制机构和轨道；所述锁定机构包括两条结构相同锁定梁，两条锁定梁分别位于电动闸门口内外两侧；所述一条锁定梁包括主梁、左、右端梁、变速器、电机、传动轴及主动轮；所述变速器安装在电机上，所述电机的左、右输出轴分别通过齿轮联轴器B和齿轮联轴器C与传动轴相连接，所述传动轴分别通过齿轮联轴器A和齿轮联轴器D与在轨道行走的主动轮相连接；所述控制机构包括PLC控制模块、第一接触器、第二接触器、位置传感器、A/D转换模块以及外侧限位开关和内侧限位开关；本发明的优点是全过程自动化，对闸门自动锁定避免闸门掉落孔洞而发生安全事故，提高作业人员的工作效率。