本发明公开了一种用于在线修改控制系统逻辑算法程序的方法。控制系统包含组态软件和控制器两大部分，组态软件负责生成算法程序，控制器负责执行程序完成工业控制。本发明包括四个阶段：(1)数据生成阶段：组态软件离线生成在线修改必要的数据信息；(2)数据下载阶段：组态软件下载生成的数据，控制器保存到对应存储区；(3)程序配置阶段：控制器在执行算法程序的空闲时间完成程序配置；(4)程序切换阶段：停止旧的算法程序，切换执行新的算法程序。以上任何阶段出现异常，控制系统仍然正确执行修改前的算法程序。通过本发明可以实现在线修改算法程序，而不对正在运行的程序造成影响，并且在修改失败的情况下仍可以正确的执行原控制程序。