本发明提供一种统一电能质量控制器的保护系统及其保护控制方法，反并联晶闸管安装在串联耦合变压器一次侧，其余五个断路器分别安装在串联耦合变压器与于系统连接处、串联耦合变压器与负载连接处、UPQC并联部分与系统连接处、UPQC串联部分与耦合变压器连接处以及串联耦合变压器一次侧。可以在负荷侧、系统侧出现短路故障后，10ms内快速旁路串联耦合变压器，实现对UPQC耦合变压器及串联侧换流器的保护；由于快速旁路串联耦合变压器，系统短路阻抗不会发生变化，系统上级故障保护动作不受影响；在反并联晶闸管拒动情况下可以通过断路器动作对装置进行二次保护，提高了装置的可靠性及安全性。