本发明属于兽药领域，具体为复方青蒿素多相脂质体注射液及其制备方法。该注射液包括药用成分和注射液辅料成分，其中，药用成分由青蒿素和三氮脒制成，注射液辅料成分由卵磷脂、胆固醇、吐温-80、磷酸缓冲液和无水乙醇组成。其中卵磷脂1～30份、胆固醇0.5～10份、吐温-80 0.1～5份、青蒿素0.5～5份、三氮脒0.5～5份、无水乙醇1～15份、磷酸缓冲液5～90份。根据本发明制成复方青蒿素多相脂质体，运用于兽医临床治疗畜禽的附红细胞体病疗效显著，且安全性高、本发明中将几种方法的有机结合，即采用乙醇注入-超声-乳匀法，该法制备的产品包封率高、稳定性好，且操作性强，适合于工业大生产。