本发明公开了一种处理富钼废水废渣制备四钼酸铵的方法，该方法为：一、将钼焙砂水洗废水浓缩后与钼酸铵生产过程中的酸沉结晶母液混合均匀，得到混合液；二、向水洗钼焙砂氨浸废渣中添加钼焙砂，然后加入混合液中，调节pH值后磁化处理，搅拌反应，得到固液混合浆料；三、固液分离，将滤饼氨浸；四、固液分离，得到氨浸液和氨浸渣；五、对氨浸渣进行氨浸处理；六、氨浸液除杂，净化，酸沉，过滤得到固体四钼酸铵。本发明采用在废水和酸沉母液中添加掺有钼焙砂的钼焙砂氨浸废渣，通过液相磁化处理，使废水、废渣的钼资源得到高效利用，极大地降低了含钼废渣、废水处理成本，节能、环保，有效提高了钼焙砂水洗浓缩废水及氨浸废渣钼资源利用率。