一种制备磷脂酰丝氨酸的方法，包括以下步骤：将磷脂酰胆碱或含有磷脂酰胆碱的天然磷脂与吐温-80、L-丝氨酸、氯化钙、缓冲溶液、磷脂酶D混合，在35-45℃搅拌反应8-10h；反应结束后反应粗品析出并上浮，离心分离水相和反应粗品，将分离得到的反应粗品用水洗涤，并离心过滤；离心过滤后的反应粗品加入无水乙醇浸泡，搅拌，再离心过滤；对离心过滤后产物真空干燥，即得磷脂酰丝氨酸产品。本发明的目的是提供一种新的制备磷脂酰丝氨酸的方法，以解决现有技术存在的副产物磷脂酸较多，转化率不理想，生产成本高的问题。