一种马铃薯原原种栽培废弃基质的无害化再生方法，它属于堆肥处理与修复再生的联合技术。它要解决现有的马铃薯原原种栽培废弃基质由于缺少可行的重复利用技术致使污染环境及增加生产成本的问题。方法：一、制备枯草芽孢杆菌发酵液和巨大芽孢杆菌发酵液；二、制备小单孢菌发酵液；三、制备复合发酵剂；四、畜禽粪便，废弃基质，复合发酵剂，水混合，堆肥发酵；五、达到腐熟即完成。本发明腐熟后的堆肥产品可作为安全有机肥料直接使用；或者添加草炭土及珍珠岩，无需添加其他有机成分即可作为新的马铃薯原原种栽培基质使用，节省费用达到50%以上，降低了生产成本。本发明对废弃马铃薯原原种基质的回收率达到99%，避免了污染环境。