本发明提供了一种小电流选线的方法及系统，以中性点电压超过阈值作为获取待测线路的零序电流的触发条件，并对获取的零序电流进行两次积分，得到第二次积分数据，当第二次积分数据满足预设条件时，获得所有的第二次积分数据中绝对值最大的第二次积分数据，同时，采用最小二乘参数辨识法对第二次积分数据进行一次拟合，得到辨识参数，在绝对值最大的第二次积分数据和辨识参数均超过阈值的情况下，判定该待测线路为故障线路，选线装置动作。本发明是在中性点电压超过阈值时获取待测线路的零序电流，且故障线路的判定条件更加严格，从而提高了小电流选线的灵敏性。