本发明属于合并单元测试技术领域，涉及一种合并单元数据转换角差测试方法，包括：测试装置输出测试信号至被测合并单元，被测合并单元将测试信号转换成标准数字报文后输出至测试装置，其中，测试装置在其内部秒脉冲到来时刻输出的测试信号的基波瞬时相位被调整至预设值；测试装置选取一次内部秒脉冲到来tST时刻后接收到的一组时间连续的标准数字报文进行傅里叶变换，求取基波相位φFFT，结合正弦波时间特性，构建数学模型，计算被测合并单元在tST时刻实际采集到的测试信号的基波瞬时相位φ；将φ与预设值相减，计算被测合并单元数据转换角差。本发明解决了各类合并单元数据转换角差测试问题，具有应用广泛、效率高等特点。