本发明属于生物技术领域，涉及一种快速有效鉴定偃麦草属Ee基因组的方法。其方法包括如下步骤：S1、待测偃麦草属植物基因组DNA提取；S2、设计Ee基因组PCR扩增特异引物及PCR扩增；S3、将PCR扩增产物进行凝胶电泳检测及鉴定。本发明引物的应用，具有准确性高、结果稳定、不受环境条件和植物发育时期等影响的特点，可以快速、准确地鉴定多倍体偃麦草属植物是否具有Ee基因组。本发明解决以往基因组原位杂交技术、特异序列的荧光原位杂交、全基因组Southern杂交鉴定基因组方法的操作繁锁、人为因素影响大、费用高以及基因组特异RAPD片段鉴定基因组的方法易受基因组重复序列影响，稳定性不高等问题，具有操作简单、扩增产物单一、重复性高、模板DNA用量少、经济快捷。