本发明是有关于一种海上风机基础全时程耦合疲劳分析方法及系统，该方法包括：利用SACS软件建立海上风机基础及塔筒模型；输出基础结构数据文件precede.$PJ；运行BLADED软件读取基础结构数据文件precede.$PJ，并进行疲劳工况载荷计算；运行SACS软件读取步骤C计算出来的各个工况下的疲劳载荷以及对应的波谱参数，计算并累积各工况下的疲劳损伤，计算出疲劳寿命。该系统包括建模模块、模型输出及存储模块、疲劳工况载荷计算模块以及疲劳寿命计算模块。本发明可实现对海上风机基础进行风波流全时程耦合下的疲劳计算、频域与时域耦合分析、以及疲劳载荷工况结合波谱曲线的疲劳耦合分析。