本发明属于聚酯制备技术领域，公开了一种高粘度、低端羧基的改性PET共聚酯及其制备方法和应用。该共聚酯包含以下按重量份计的组分：低粘度PET共聚酯100份；噁唑啉类化合物0.8～2.0份；羟基扩链剂0.6～2.0份。本发明通过添加噁唑啉类化合物和羟基扩链剂制备高粘度改性PET共聚酯。加入噁唑啉类化合物与树脂中的端羧基反应，降低树脂的端羧基含量，从而提高树脂的耐热水性能。加入羟基扩链剂，提高树脂的分子量，达到物理性能和加工性能的平衡。本发明改性PET共聚酯的粘度和熔体强度得到提高，端羧基含量降低，耐热水性能极大的提高了，且生产方法减少缩聚时间，缩短生产周期，有效减少热降解反应，同时提高设备产能。