一种云计算环境下的恶意程序智能防御系统，其包括，云计算平台，所述云计算平台并行设置多个不同的反病毒引擎，所述不同反病毒引擎针对不同类型病毒进行扫描；样本收集子系统，所述样子收集子系统收集安全漏洞攻击相关数据；隔离分析子系统，所述隔离分析子系统为多恶意程序行为分析引擎集合，且所述离分析子系统分析得出侧重点不同的行为监控结果；计算服务器，所述计算服务器收集所述样本收集子系统与隔离分析子系统数据，且计算服务器对行为数据进行分析产生行为特征知识库。