本发明涉及农业栽培技术领域，公开了一种芽接咖啡的方法。该方法将芽片与砧木固定，待砧木和芽片的形成层完全愈合后，去除芽片上芽点两侧的捆绑物使芽点露出，同时砧木上保留1-2条最长的一级分枝及其叶片，其余一级分枝全部剪除，待芽点萌发后将全部捆绑物去除，同时萌发过程中将所保留的一级分枝上的花果摘除；待芽点萌发至10cm-20cm时，从芽接处上方2cm-3cm处把砧木横向剪除，同时剪除前述保留的一级分枝。本发明一改传统方法中一次性剪砧的做法，分两次进行剪砧，在两次剪砧之间选择性的保留一级分枝及其叶片，从而弥补了传统方法一次剪砧芽接萌发率较低以及芽接枝条长势较差的缺陷。