本发明属于聚酯技术领域，公开了一种高粘度、低端羧基含量的改性脂肪族-芳香族共聚酯及其制备方法和应用。该共聚酯包含以下按重量份计的组分：低粘度脂肪族-芳香族共聚酯100份；噁唑啉类化合物0.5～3份；羟基扩链剂0.4～2.5份。本发明通过添加噁唑啉类化合物和羟基扩链剂制备改性脂肪族-芳香族共聚酯。加入噁唑啉类化合物与树脂中的端羧基反应，降低树脂的端羧基含量，从而提高树脂的耐热水性能。加入羟基扩链剂，可以提高树脂的分子量，达到物理性能和加工性能的平衡。制备得到的共聚酯粘度和熔体强度得到提高，端羧基含量降低，耐热水性能得到改善，且制备方法生产周期短，减少缩聚时间，有效减少热降解反应。