本发明涉及一种微生物发酵功能性有机复合肥及其生产方法，该方法将布氏乳杆菌Lactobacillus buchneri CICC 6004、蜡状芽孢杆菌Bacillus cereus ACCC10117 、面包活性干酵母Saccharomyces cerevisiae CICC1905和粘质沙雷氏Serratia marcescent ACCC 10119混合发酵生产生物有机肥，采用这种混合发酵的方法后，能有效的降解畜禽粪便中的雌激素，药物残留，同时还能杀灭土壤中的线虫及蝇蛆，并且大大提高了有机肥的保质期和活菌的存活时间，提高作物种子的发芽率及作物抗逆性等。