本发明公开了一种异构软硬件协同开发的方法及系统，方法包括：声明和定义能够被异构从处理器执行的函数；根据不同开发阶段目标码所执行的硬件平台定义不同的配置文件和编译文件，其中配置文件中定义适用于相应硬件平台的编译工具链变量的具体表示，所述编译文件用于定义当前适用的配置文件以及编译工具链变量；根据所述配置文件和编译文件编译源程序，进而获得目标码，并在相应的硬件平台上运行所述目标码。本发明针对SoC的硬件开发流程，优化了应用开发流程，可以在很小的代价下开发应用软件，节约了高昂的资金投入和人员投入。