本发明提供一种凹凸棒石/纳米铁复合材料-微生物耦合体的制备及应用。所述凹凸棒石/纳米铁复合材料-微生物耦合体是将凹凸棒石用蒸馏水、六偏磷酸钠提纯后使用盐酸进行改性，再依次经过离心、洗涤、干燥后放入FeSO4溶液中浸泡24-72h后离心处理，之后在氩气保护下向离心后的固体加入乙醇搅匀，并滴加KBH4致使Fe2+充分反应后再次离心处理，将离心后的沉淀物洗涤干燥后与真养产碱杆菌耦合反应后得到的固体成分。本发明既解决了纳米铁稳定性差、分散性差，容易凝聚成团等缺点，又避免了凹凸棒石/纳米铁复合材料在与硝酸盐反应时，产生氨氮，对水体造成二次污染的缺陷，也基本不会对微生物产生毒害作用。