本发明公开了一种产R,R-2,3-丁二醇基因工程菌及其构建方法与应用，该基因工程菌株的命名为重组多粘类芽孢杆菌CGMCC3044--dar-。dar为丁二酮还原酶基因，通过同源重组双交换，敲除多粘类芽孢杆菌CGMCC3044中的dar基因获得菌株重组多粘类芽孢杆菌CGMCC3044-dar-。通过上述方法构建的重组菌能发酵合成超高光学纯度R,R-2,3-丁二醇，光学纯度高达100%，无光学副产物meso-2,3-丁二醇，该菌株能直接利用菊芋菊粉、葡萄糖、3-羟基丁酮等底物，培养条件粗放，操作方便简单，光学纯度高，生产成本低，有利于大规模产业化生产。