本发明公开了一种生物芯片及其检测仪和系统以及其注记标记及辨识方法，该系统包含有一生物芯片以及一生物芯片检测仪。该生物芯片包含有一基板，用来承载生物分子液滴；以及一注记标记区域，用来接收或表明一注记以供辨识该生物芯片是否已被使用过。该生物芯片检测仪包含有一控制器；一驱动电路；一驱动接口；一光源；一光侦测器；以及一注记标记单元，用来于该生物芯片检测仪完成该生物芯片检测后，于该生物芯片的该注记标记区域标记该注记。本发明的生物芯片检测仪通过对生物芯片辨识注记以判断生物芯片是否已使用过，并于检测完毕后对生物芯片标记注记，以避免重复使用生物芯片。