本发明提出一种基于信号重建跟踪型有源定标器的高度计与定标器信号匹配方法，包括以下步骤：一，获取有源定标器原始接收信号和高度计原始接收信号；二，提取有源定标器原始接收信号中存在的定标器噪声信号；三，对步骤二的信号进行二次差分处理，获得定标器噪声信号二次差分序列；四，获得高度计原始接收信号二次差分序列；五，对步骤四和步骤三获得的二次差分序列进行互相关运算，得到相对偏移量；六，利用步骤五获得的相对偏移量对高度计原始接收信号和有源定标器原始接收信号进行匹配。本发明通过校正定标器设备时间和高度计系统时间存在的相对误差，充分考虑非理想因素引入的噪声影响，精确地建立了高度计接收信号和定标器接收信号间的匹配关系，提高了有源定标器对星载高度计的定标精度。