本发明公开了含水构造导通水流量控制装置及其工作方法，包括埋设于土壤模拟模型内的含水构造装置，所述含水构造装置分别通过含水构造进水管和含水构造出水管与水箱连接；所述含水构造进水管上设有用于控制含水构造进水管水流量的进水装置，所述含水构造出水管上设有用于控制含水构造出水管水流量的出水装置，所述进水装置和出水装置均与对含水构造装置的实时流量和总体流量控制并尽可能使含水构造装置的进水流量和出水流量的保持一致的流量控制器连接，所述流量控制器与计算机连接。该含水构造导通水流量控制装置具有廉价、流量大、吸程4米以上、能够通过少量泥沙、能够对实时流量和总体流量进行反馈控制和实时显示、自动化控制的特点。