本发明公开了一种数字化采样延时变频测量方法，方法基于变频原理，通过测量电子式互感器或模拟量输入合并单元对不同频率稳态模拟量信号的非整周期延时，从而计算得到数字化采样环节对所有频率信号的固有延时，包括非整周期延时和整周期延时，同时基于锁相技术跟踪SV报文的发送频率，补偿SV报文发送时差，减小SV报文发送时差的影响，提高数字化采样延时测量准确度。本发明同时也公开了基于该方法的测试系统，确保电子式互感器和模拟量输入合并单元在智能变电站中的可靠应用，消除电子式互感器和模拟量输入合并单元工程应用中的安全隐患，提高智能变电站二次系统运行准确性，对智能变电站的安全、可靠运行具有重要意义。