本发明公开了转基因水稻科丰2号外源插入基因和侧翼水稻序列的连接区序列及应用。本发明通过Hi?TAIL PCR获得外源插入基因载体和其两侧5’端及3’端侧翼水稻序列的连接区序列，其核苷酸为SEQ ID No.2所示；本发明进一步公开了外源插入载体和3’端侧翼水稻序列的连接区序列，其核苷酸序列为SEQ ID No.13所示。本发明进一步公开了所述连接区序列作为靶基因应用于转基因水稻科丰2号品系特异性的检测。本发明为建立转基因水稻科丰2号品系特异性PCR检测方法奠定了基础。