本发明揭露了一种指纹辨识系统及指纹辨识方法，指纹辨识系统包含储存模块、输入模块、融合模块及处理模块。储存模块储存若干个基准指纹资料。输入模块输入指纹资料。融合模块将指纹资料与先前输入的指纹资料进行融合，以对应产生融合指纹资料并储存于储存模块中。处理模块分别将指纹资料及融合指纹资料与各基准指纹资料进行比对，以产生比对结果，并根据比对结果选择性地将指纹资料或融合指纹资料取代对应的基准指纹资料。因此，以达成训练基准指纹资料，进而优化指纹辨识效率的功效。