本发明公开了一种天然调理养生酵素的制备方法。该酵素包含1～80份前发酵液、1～30份益生菌、1～30份酶、1～10份中草药、1～30份水果、1～30份蔬菜、1～30份食用菌、1～30份食用藻、1～30份麦芽糖和1～30份蜂蜜，以质量份计。前发酵原料包含以其质量份计，1～50份玉米穗、1～15份麦、1～30份梗稻米、1～50份糙米、1～50份米糠、1～50份黑豆、1～10份黑糯米和1～10份黑芝麻。该酵素将蔬菜、水果、食用菌、食用藻和中药材与酶组合，经有益菌发酵而得。该酵素复合了果蔬、中药材等多种植物的综合调理性，无毒副作用。该酵素可作为食品，也可添加至其它食品和饮料中，达到天然调理养生效果。