本发明涉及生物活性物质分离纯化技术，具体的说是一种双水相萃取鲍鱼卵蛋白多肽浓缩液的方法。具体为方法为：预制鲍鱼卵匀浆液，经双水相连续萃取后分离纯化，其中双水相体系总密度为0.06~0.16kg/m3，黏度为4~16mpa/s，pH值6~8,萃取时间30~50min，双水相萃取体系的总量与鲍鱼卵匀浆液投料比例为1:0.4~0.5。本发明采用的方法分相时间短，节省萃取时间，节省能耗，分相后配基液重复使用，不存在有机溶剂残留，且鲍鱼卵蛋白多肽浓缩液与营养食品具有广泛结合性、应用性。