一种滤膜在线清洗系统及方法，包括一药水箱、一清水箱、一物料箱、一第一滤膜装置、一第二滤膜装置、一滤清液收集箱、一浓液收集箱、一废液排放口；药水箱与清水箱分别通过一清洗泵分别连接到第一滤膜装置与第二滤膜装置；物料箱通过一高压泵分别连接到第一滤膜装置和第二滤膜装置；第一滤膜装置与第二滤膜装置分别连接滤清液收集箱、浓液收集箱、废液排放口；所有部件连接处均设有控制阀，通过各个控制阀的启闭实现两并联滤膜装置的清洗。本发明不需要完全停止滤膜的工作状态即可对滤膜进行清洗，可节约大量的工作时间，热碱液的反复冲洗能彻底的清除物质，恢复滤膜通量，提高透水率，从而提高了膜的使用效率、延长膜使用寿命。