本发明公开了一种番鸭细小病毒和鹅细小病毒的HRM鉴别方法、试剂盒和引物组，所述检测方法包括如下步骤：（1）设计一组可同时扩增番鸭细小病毒和鹅细小病毒的通用PCR引物；（2）从待测样品中提取病毒基因组DNA作为模板DNA；（3）利用步骤（1）的引物组对模板DNA进行PCR扩增；（4）对扩增产物进行HRM分析，鉴别MDPV和GPV。本发明方法：可快速、有效鉴别MDPV和GPV；检测速度快且高通量：5～10分钟即可完成96/384孔板的PCR产物检测，极大缩短了检测时间；对PCR产物无损害，检测后还可以进行后续分析，如测序和凝胶电泳等。