本发明公开了一种谐波电流分频交错补偿装置及其谐波电流分频率给定算法，装置主电路的有源部分由低开关频率大功率逆变电路单元和高开关频率小功率逆变电路单元组成，二者分别负责产生谐波参考电流中的低频分量和高频分量。所述谐波电流补偿装置的两个逆变电路单元共用一个直流侧母线电容Cdc，交流侧分别与7次串联谐振支路和13次串联谐振支路串联后再与滤波电容并联后接入电网。所述串联谐振支路构成的无源部分极大地降低了有源部分的功率等级。采用一种基于滑动DFT的谐波电流分频率给定算法实现了上述参考电流低频分量和高频分量分开给定。上述装置有效地解决了谐波补偿装置的有源部分容量、效率、开关频率与补偿性能间的矛盾约束关系。