本发明涉及一种预测转Bt基因棉花抗虫性强度的方法，属于生物技术领域。包括：棉籽浸种、取种胚，利用Cry1Ab/Ac的ELISA试剂盒进行Bt毒蛋白的提取，毒蛋白含量测定，采用测定的毒蛋白含量划分其抗性等级。本发明提供了一种抗虫棉抗性强度的早期预测方法，即通过检测棉种胚的毒蛋白含量水平来早期预测抗虫棉株未来整体抗虫性的强弱。该方法只需少量棉种，通过利用其种胚在室内检测其毒蛋白含量，即可对棉种的抗虫性进行快速评判，为提升转Bt基因抗虫棉的育种效率提供技术支持。