一种水声通信系统中时频编码的方法，涉及水声通信。发送端：将待发送的二进制序列分组；将分组的码元进行时频编码；在时频编码后的信号前添加同步信号和保护间隔，通过换能器将信号发送出去；接收端：接收到的信号先通过窄带滤波器滤波，得到四个通道的窄带信号；对每一通道信号进行同步处理，将接收端对应通道的本地Chirp信号与接收到的信号做相关运算，得到相关峰的位置，即得到同步信号的起始点，根据发送数据的数据格式，得到时频编码信号的起始点；每一通道取得同步位置后，解调模块对每一通道的信号进行处理；将对应的四个时隙的相关最大值求和，最后比较十六个组合器输出值，和值最大的组合器所代表的码组即判定为发送的码组。