本发明公开了一种双进双出磨煤机启停扰动的控制方法，其步骤为：(一)双进双出磨煤机由停止转为运行、给煤机均停运的容量风量控制；(二)双进双出磨煤机运行状态，给煤机由停运转为运行时的容量风量控制；(三)双进双出磨煤机运行状态，给煤机由运行转为停运时的容量风量控制；(四)双进双出磨煤机由运行转为停止的容量风量控制。本发明显著优点是，在配置双进双出磨煤机的火电机组发生磨煤机启停时，投入自动的机组容量风量、给煤量不会产生较大扰动，机组的功率、机前压力等主要被控参数稳定性进一步增强，同时可提高机组运行的安全、经济性。