本发明涉及一种高通量全自动磁流体分离装置，该装置包括：微孔板（101），微孔板（101）下表面设有放置微孔管（102）的孔阵列；与微孔板（101）相对设置的软磁底板（105），在软磁底板（105）上表面设置有若干相距一定距离的电磁铁阵列，所述电磁铁阵列中的每个电磁铁包括一个磁芯（201）和套在磁芯（201）外面的由多匝导线缠绕而成的螺旋线圈（107），螺旋线圈（107）的两端连接电源；电磁铁阵列上面对应设置有一块软磁架（106），在软磁架（106）的下表面开有与磁芯（201）固定连接的孔，电磁铁阵列之间通过磁性隔离板（104）分隔，每一块磁性隔离板（104）的上方对应微孔管（102）。本发明设计的成本低廉，操作方便，分离效果好，便于实现全自动化。