本发明公开了一种血栓抽吸系统，包括血栓抽吸导管和与之配套连接的血液瓶。本发明中血栓抽吸导管采用超薄管壁、宽大内腔以及单腔管道设计，保证血栓抽吸时顺畅高效性能，锥形管段远端面外缘呈倒圆角状，便于血栓抽吸导管整体进入血管，减少对人体的损伤，远端设有螺旋分布的椭圆侧孔，便于顺利抽吸血管中较大的血栓，以防止体积较大的血栓无法抽吸的情况，使血管中的血栓抽吸完全，达到最好的治疗效果，手术中从人体抽出来的血液流入血液瓶，通过瓶中的血栓过滤网，将抽出来的血栓过滤掉，过滤完的血液可以重新输入人体，使得该自体血液能得到快速、有效地利用，避免了异体血液对病人的污染等不良反应。