本发明公开了一种合成含过渡金属杂原子LTL结构分子筛的方法，其特点是将杂原子金属源与配位络合剂、铝源、氢氧化钾、硅源和水按0.001～0.1：0.1～1.0:0.04～0.2:0.7～1.2:1.0:12～50原子摩尔比混合，搅拌均匀后在150～180℃晶化反应24～72小时，反应液经抽滤、洗涤后在100～200℃烘干，制得产物为含过渡金属杂原子LTL结构的分子筛。本发明与现有技术相比具有工艺简单，适用的杂原子金属种类多，原料来源广泛价廉，较好的解决了杂原子过渡金属源在强碱性条件下沉淀的难题，是一种易于工业化实施且反应条件温和、环境友好的合成含过渡金属杂原子LTL结构分子筛的制备工艺。