本发明公开一种杂交水稻制种父本专用插秧机及其方法。它包括扶手机架、发动机、行走底盘、插植变速箱、前行星齿轮式分插机构、后行星齿轮式分插机构、传动箱、前栽秧送秧机构、后栽秧送秧机构等，行走底盘前部安装发动机，后部安装插植变速箱，扶手机架固定在插植变速箱后下方，前栽秧送秧机构、传动箱、后栽秧送秧机构纵向依次固定在扶手机架上，两个前行星齿轮式分插机构安装在插植变速箱两侧，两个后行星齿轮式分插机构安装在传动箱两侧，插植变速箱通过链传动将动力输送到传动箱。本发明实现将不同苗龄大小杂交水稻父本秧苗同一垄上间隔插植，在两行父本垄大小秧苗呈“品字”或三角形分布。