本发明公开了一株高效固氮大豆根瘤菌SCAUs46及其应用。该菌株是从新鲜的大豆根瘤中分离纯化得到，已于2014年3月14日保藏于武汉大学中国典型培养物保藏中心，其保藏编号为CCTCCNO:M2014083，分类命名为高效固氮大豆根瘤菌（Bradyrhizobium diazoefficiens）。该菌株应用于四川大豆的生产。本发明的高效固氮大豆根瘤菌SCAUs46是一株共生固氮能力强，对四川大豆品种适应范围广，兼具有分泌IAA能力、具有溶无机磷、有机磷和溶钾能力、抗逆性较强的优良广谱大豆根瘤菌菌株。并且与四川的主栽豆品种匹配亲和性好，在不同生态区不施氮肥、接种SCAUs46使大豆增产22%以上，与不接种对照的差异达显著水平。