本发明公开了一种与植物根系性状相关的SNP位点及其应用。本发明的与植物根系性状相关的SNP位点，该SNP位点为SEQ ID No.4中自5’末端起第55位核苷酸，该第55bp位核苷酸为C和/或G；SEQ ID No.4所示DNA片段在小麦染色体1BS上的19.3cM位置。本发明提供了一个新根系主效基因位点QRt.caas-1BS及该位点的辅助筛选优良根系小麦的SNP位点。利用该SNP位点可以筛选根系性状优良的小麦，在小麦根系相关育种中发挥重要作用。