一种挠性卫星模态参数在轨辨识方法，本发明涉及卫星模态参数在轨辨识领域，本发明要解决无法建立精确的动力学模型，频域法时效性低，难以辨识密频模态参数及获取阻尼信息使得估算、综合的参数存在误差，辨识精度降低以及时域法无法准确对模型定阶的问题而提出的一种挠性卫星模态参数在轨辨识方法。该方法是通过1、采集力矩和角速度信息；2、确定离散状态空间系统矩阵A、B、C和D；3、确定辨识矩阵A、B、C和D；4、建立动力学和帆板振荡方程；5、获得模态参数与力矩到角速度的传递函数；6、将矩阵A、B、C和D转换为传递函数等步骤实现的。本发明应用于卫星模态参数在轨辨识领域。