用于处理所述实体组织的改进的方法和系统。该方法可人工或自动地实施。该系统具有诸如(i)切割模块，其中将新鲜组织切片以制备组织标本，(ii)硬化模块，硬化组织标本，(iii)浸渗模块，浸渗硬化过的组织标本，和(iv)包埋模块，其包埋硬化并浸渗过的组织标本。将新鲜的(即非固定或冰冻的)组织切割为约0.6mm，所述新鲜的组织被切割，以诊断疾病或评估外科手术治疗。优选在通过与化学混合物接触来切割期间开始但不完成新鲜组织的硬化。优选用干冰、热电装置或气体冷凝器来冷却含有已包埋的标本的金属模具。将其切片，然后用显微镜检测，作为冰冻切片的组织学检测的替代物，以避免不一致和延迟诊断所针对的已知的问题。